Изображение области связывания ДНК с END4_ECOLI

Остов ДНК выделен толстой оранжевой линией, аминокислотные остатки, возможно контактирующие с ДНК выделены более толсто.Метод: так как с лигандом взаимодействуют атомы, находящиеся ближе 4,5 ангстрем, то с помощью команды в программе RasMol мы можем выделить эти атомы.

Проэкт генно-инженерного эксперимента

I.Аминокислотные остатки, контактирующие с ДНК: val8,ser9,ala10,ala11,gly12,gly13, phe32,asn35,gln36,arg37,gln38,trp39,tyr72,leu73,asn75,ser112,his78,leu114,gln150,gly151, ser152,asn153,his182,val228,asp229,arg230,his231,ile263
II.Замена аминокислотного остатка белка, которая может привести к потере способности связывания цепи А с ДНК:замена Arg37 на Cysteine.
III.Замена аминокислотного остатка белка, которая, предположительно, мало повлияет на способность связывания с ДНК:замена Trp72 на Histidine.
IV.Обоснование предлагаемых замен:
ii) Боковой радикал Arg37 образует большое количество водородных связей с ДНК, поэтому, если заменить Arg37 на Cysteine,не имеющий такого бокового радикала и меньший по размерам, то велика вероятность того, что белок потеряет способность связываться с ДНК.
iii)Trp72 образует две водородные связи с ДНК, в которых участвуют два атома азота: один из основной цепи,а второй из бокового радикала. Поэтому, если заменить его на Histidine, имеющий похожее строение и атом азота в радикале на том же месте, что и у Trp, то , скорее всего, этоне повлияет на способность белка связываться с ДНК.

На главную страницу первого семестра